Parece que la versión 0.9.2 del plugin WP-SuperCaché tiene un problema con la actualización automática. Antes de actualizarlo es necesario que desactives el cacheado (o desactives el plugin), borres de la carpeta de caché todos los archivos y después actualices, así no tendrás problemas.
En mi caso no tuve que hacerlo y funcionó a la primera pero parece que hay unos cuantos servidores que se han venido abajo por exceso de consumo de recursos.
Vía: un tweet de mangas verdes uno de los sitios que ha sufrido el problema
que bueno que lo veo aqui y que todavia no he actualizado, gracias a esta informacion procedere a realizar los pasos enumerados aqui para poder realizarla sin problemas.